W dniu 7 lutego 1984 r. bp. Edward Kisiel erygował parafię bł. Jadwigi Królowej, a następnego dnia wystawił nominatę na proboszcza parafii ks. Stanisławowi Wojno, który 30 marca 1984 r. podpisał warunkową umowę na zakup działki nr 2060. W dniu 11 maja w Biurze Notarialnym podpisany został akt własności tej działki z przeznaczeniem pod budowę nowego kościoła. W dniu 12 sierpnia 1984 r. bp Edward Kisiel dokonał poświęcenia placu pod budowę kościoła bł. Jadwigi Królowej. Budowę świątyni rozpoczęto wiosną 1985 r. Jesienią 1988 r. oddano do użytku dolny kościół gdzie zaczęto odprawiać nabożeństwa.
21 lipca 2019 r. kapłani posługujący w kościele zamieścili na stronie internetowej parafii kontrowersyjny wpis dziękczynny wobec wszystkich osób broniących tradycyjnych wartości w jakikolwiek sposób podczas Pierwszego Marszu Równości w Białymstoku, kiedy to środowiska pseudokibicowskie obrzuciły policjantów oraz uczestników Marszu kamieniami, szklanymi butelkami i petardami, a także dopuściły się dotkliwych pobić wobec nie tylko uczestników Marszu, ale także przypadkowo napotkanych osób używając przy tym wulgarnych słów i opluwając ofiary. Wpis parafii wywołał lawinę komentarzy w mediach społecznościach oraz ogólnopolskich środkach masowego przekazu i był przedmiotem debaty publicznej.