Niedługo po przybyciu do Indii gubernator otrzymał wieści o masakrze brytyjskiej armii podczas odwrotu z Kabulu i oblężeniu Ghazni oraz Dżalalabadu. Wkrótce sytuacja w Afganistanie wyjaśniła się na korzyść Brytyjczyków po sukcesach generałów Pollocka i Notta. Dowodzona przez nich karna ekspedycja zdobyła i spaliła Kabul. Brytyjczycy osadzili na afgańskim tronie emira Dosta Mohammada, którego sami obalili trzy lata wcześniej, na początku wojny afgańskiej. Ellenborough powiedział wówczas: Niech Afganistan ma swego emira, niech powróci tam anarchia!. W 1843 r. generał Charles James Napier podbił Sindh, który został przyłączony do Indii. Zwierzchnictwu brytyjskiemu poddano również Gwalior. Ellenborough stale znajdował się w konflikcie z dygnitarzami Kompanii Wschodnioindyjskiej. Ostatecznie w 1844 r. Ellenborough został odwołany ze stanowiska.