Czynnikiem dezintegrującym kadrę był Ludwik Mierosławski, dyrektor szkoły. W lutym 1862 r. Mierosławski, zraziwszy sobie kadrę i słuchaczy, opuścił szkołę. Głównym czynnikiem, który wywołał opór w szkole wobec Mierosławskiego, było jego wygórowane żądanie. Oczekiwał on od słuchaczy, aby oni w imieniu narodu polskiego dali mu upoważnienie do wyłącznego reprezentowania narodu i wyłącznego kierowania sprawą polską. Chciał więc ogłosić się przedpowstańczym dyktatorem, a słuchacze szkoły mieli stać się niejako jego osobistą gwardią. Postępek ten wywołał zdecydowany sprzeciw.
Na czele szkoły stanął następnie gen. Józef Wysocki, cieszący się dużą popularnością w kraju i na emigracji. Zdołał on zaprowadzić porządek w szkole, zintegrować kadrę i słuchaczy oraz zapewnić właściwy proces nauczania. Z początkiem maja 1862 roku szkoła została przeniesiona do Cuneo, gdzie zapewniono jej lepsze warunki koszarowe i place ćwiczeń. Szkoła w Genui mieściła się w prywatnym domu zamienionym w koszary. W Cuneo mieściła się w budynku poklasztornym. Tutaj zwiększyła się liczba słuchaczy. Szkoła kształciła 300 słuchaczy, podzielonych na 3 grupy (piechota, kawaleria, artyleria). Najbardziej liczna była grupa piechoty. Kurs trwał w zasadzie trzy miesiące.