DTM W sezonie 2000 przeniósł się do reaktywowanej serii Deutsche Tourenwagen Masters, gdzie reprezentował barwy zespołu Opel-Team Holzer za kierownicą Opla Astry V8 Coupé. W debiutanckim sezonie zajął 12. miejsce w klasyfikacji, a w następnym roku 19. W kolejnych dwóch latach zajmował 8. miejsce, a w sezonie 2004, po zmianie samochodu na Opla Vectrę GTS V8, ponownie był ósmy.
W latach 2003–2004 dwukrotnie startował w 24-godzinnym wyścigu na torze Nürburgring, w którym zwyciężył w 2003 (jego partnerami byli Manuel Reuter oraz Marcel Tiemann). W 2004 roku zajął 10. lokatę.
FIA GT W sezonie 2005 Timo przeszedł do serii FIA GT, gdzie startował w Maserati MC12 w barwach zespołu Vitaphone Racing. Wraz z partnerem, Michaelem Bartelsem, zwyciężyli w dwóch wyścigach (na torze Istanbul Park oraz w 24-godzinnym na torze Spa-Francorchamps, gdzie ich trzecim partnerem był Eric van de Poele), a w klasyfikacji generalnej mistrzostw zajęli 2. miejsce ze stratą zaledwie jednego punktu do zwycięzcy. W 2006 roku, już po powrocie do DTM, Scheider wystąpił ponownie w 24-godzinnym wyścigu na torze Spa jako trzeci kierowca zespołu AF Corse (partnerami byli Mika Salo i Rui Águas). W samochodzie Ferrari F430 GT2 zwyciężyli w klasie GT2, a w ogólnej klasyfikacji wyścigu zajęli 6.