20 lipca 1993 roku Ferguson podpisał kontrakt z Rangersami, których menedżerem był Walter Smith. Suma transferu wyniosła 4 miliony funtów, a w nowej drużynie Duncan po raz pierwszy wystąpił 21 sierpnia w derbach Glasgow z Celtikiem (0:0). Ferguson nie potrafił przebić się do składu Rangersów i często grywał nie w ataku, a na lewej pomocy bądź lewej obronie. W ataku natomiast przegrywał rywalizację z Markiem Hateleyem, Ally'm McCoistem czy Gordonem Durie. W 1994 roku został mistrzem Szkocji, ale w październiku odszedł z zespołu.
4 października Ferguson został zawodnikiem angielskiego Evertonu. Menedżer klubu Joe Royle zdecydował się zapłacić Rangersom 4,4 miliona funtów. Swój pierwszy mecz dla "The Toffies" Szkot rozegrał 15 października przeciwko Coventry City (0:2). 21 listopada strzelił pierwszego gola dla nowego klubu - Everton pokonał na Goodison Park 2:0 odwiecznego rywala, Liverpool F.C. W 1995 roku dotarł z Evertonem do finału Pucharu Anglii, a w nim grał od 51. minuty, gdy zmienił strzelca bramki Paula Rideouta. Everton zwyciężył w finale 1:0 z Manchesterem United. Na skutek problemów z przepukliną opuścił dużą część sezonu 1995/1996. Jednak w sezonie 1996/1997 ponownie grał w pierwszym składzie i strzelił 10 goli.