Jugurta zdecydował się wydać bitwę Rzymianom zastawiając pułapkę na wzgórzach nad rzeką Muthul, gdzie ustawił zasadniczą część swoich sił, a pozostała część piechoty i słonie bojowe pod dowództwem Bomilkara zajęły pozycję nad rzeką. Po całodziennej, chaotycznej bitwie oddziały Metellusa pokonały siły Jugurty, a część wojsk dowodzonych przez legata Publiusza Rutiliusza rozbiła oddział Bomilkara]C. SALLVSTI CRISPI BELLVM IVGURTHINVM;48-53 ( . Pokonany Jugurta zebrał znowu wojska ale tym razem unikał bitwy prowadząc wojnę partyzancką. Metellus niszczył ziemie nieprzyjaciela i próbował zdobyć ale bez powodzenia miast Zamę. Ostatecznie wycofał się w okolice Kartaginy]FLORI EPITOMAE DE TITO LIVIO BELLORVM OMNIVM ANNORVM DCC LIBRI DVO;LIBER PRIMVS;36 ( )C. SALLVSTI CRISPI BELLVM IVGURTHINVM;57-62 ( . Senat przydzielił mu Numidię jako prokonsulowi. W latach 108-107 pozostał w Numidii w randze prokonsula organizując prowincję i zwalczając partyzantkę Jugurty. Zdobył nawet miast Cyrte i Thalę] ale nie udało mu się pokonać ostatecznie JugurtyC. SALLVSTI CRISPI BELLVM IVGURTHINVM;63-88 ( . Oskarżano go o celowe przeciąganie wojny, by uzyskać przedłużenie dowództwa. W trakcie tej wojny Mariusz zdobywał coraz większą sławę i poważanie w wojsku i na jego coraz większe ambicje z niechęcią patrzył Metellus.