Jednakże głównodowodzący wojskami białych na Syberii adm. Aleksandr W. Kołczak nie zamierzał przyznawać Baszkirom jakiejkolwiek autonomii, w związku z czym zaczęło dochodzić do coraz poważniejszych konfliktów pomiędzy dowództwem Korpusu Baszkirskiego i dowództwem białych. 15 października adm. A. W. Kołczak rozkazał zlikwidować Korpus Baszkirski, zaś na jego bazie sformować 9 Baszkirską Dywizję Strzelecką pod dowództwem rosyjskiego generała. Spotkało się to z protestem Przedstawicielstwa Baszkirskiego. Konfliktowa sytuacja sprzyjała rozpowszechnianiu się wśród żołnierzy baszkirskich propagandy bolszewickiej. Pojawiły się też pierwsze przypadki dezercji na stronę bolszewików. Ponadto swoją agitację wśród Baszkirów rozpoczęli Kozacy orenburscy, chcąc włączyć ich w skład Samodzielnej Armii Orenburskiej.
W grudniu 1918 r. Przedstawicielstwo Baszkirskie podjęło decyzję rozpoczęcia rozmów z bolszewikami. W połowie lutego 1919 r. oddziały baszkirskie (1, 2, 3, 4, 5 i 6 Baszkirskie Pułki Strzeleckie oraz 1 i 2 Baszkirskie Pułki Kawalerii) w liczbie 6,5 tys. żołnierzy, zajmujące pozycje na wschód i południowy wschód od Sterlitamaka, przeszły w zdecydowanej większości na stronę wojsk bolszewickich. Rosyjscy oficerowie uciekli lub zostali rozstrzelani.