W 2004 roku media szeroko relacjonowały związek Briana Jouberta z miss Francji Laetitią Bléger. Modelka w jednym z wywiadów stwierdziła, że relacja miała charakter pozorny i służyła ukryciu orientacji seksualnej Jouberta jako homoseksualisty. Łyżwiarz w odpowiedzi wytoczył sprawę sądową, w wyniku której Bléger oraz magazyn publikujący wywiad zobowiązani zostali do wypłaty odszkodowania w wysokości 17 tysięcy euro. W okresie 2005–2009 Joubert spotykał się z mistrzynią Włoch Valentiną Marchei. Pojawiały się wówczas plany wspólnego udziału w Zimowych Igrzyskach Olimpijskich w 2010 roku w Vancouver. Para zakończyła związek w styczniu 2009, najprawdopodobniej z uwagi na zobowiązania zawodowe i rozwój kariery sportowej.
Brian Joubert trzykrotnie uczestniczył w francuskiej edycji programu „Fort Boyard” w latach 2004, 2007 i 2008. Był również sponsorem fundacji wspierającej dzieci z zespołem Williamsa. 13 marca 2006 ukazała się jego biografia zatytułowana „Le feu sur la glace” (pol. „Ogień na lodzie”).