Sieć wodna Doliną płynie Mięguszowiecki Potok (Hincov potok) wypływający z Wielkiego Hińczowego Stawu. Jego dopływem jest Żabi Potok (Žabí potok mengusovský) biorący początek z Żabich Stawów. Ze Zmarzłego Stawu wypływa Zmarzły Potok (Ľadový potok) wpadający do Popradzkiego Stawu, z którego wypływa potok Krupa (Krupa) łączący się z Mięguszowieckim Potokiem w rzekę Poprad (Poprad). W Dolinie Mięguszowieckiej płynie jeszcze kilka mniejszych potoków: Szatani Potok (Satanov potok) i Mały Hińczowy Potok (Malý Hincov potok) – dopływy Hińczowego Potoku, Smoczy Potok (Dračí potok) i Rumanowy Potok (Rumanov potok) – dopływy Zmarzłego Potoku.
We wnętrzu doliny znajdują się liczne stawy. Największy z nich to Popradzki Staw (Popradské pleso) nazywany także „Mięguszowieckim Stawem” lub „Małym Rybim Stawem”. Położony jest on na wysokości 1494 m n.p.m., ma 6,9 ha powierzchni i 17,6 m głębokości. Najgłębszym jest Wielki Hińczowy Staw (jest to równocześnie najgłębszy staw w całych Tatrach Słowackich). Łącznie w dolinie znajduje się 7 większych stawów oraz kilka mniejszych.