Wraz z powstaniem rządu Ignacego Jana Paderewskiego, 16 stycznia 1919 Eberhardt objął szefostwo resortu komunikacji. Jego celem stała się unifikacja infrastruktury kolejowej. W pierwszych tygodniach urzędowania z sukcesem przeprowadził operację przyjęcia i transportu amerykańskiej pomocy żywnościowej, jaka była przekazywana do Polski przez Gdańsk. Za tej kadencji utworzył okręgowe dyrekcje w Wilnie i Łucku, które przejęły z rąk wojska zarząd kolejami na wschód od Bugu. Był zaangażowany w działania na rzecz importu parowozów z Francji i Wielkiej Brytanii, a także odbiór poniemieckiego taboru. W wypadku tych wagonów znajdujących się na polskim terytorium wybrane zostało rozwiązanie kompromisowe, zakładające pozostawienie jego części w gestii Niemiec (tabor kursujący na linii Warszawa-Berlin). Ponadto rozpoczęto prace związane z budową linii kolejowych Płock- Sierpc oraz Rzeszów-Tarnobrzeg. 9 grudnia 1919 wraz z upadkiem rządu, przestał być ministrem, lecz jeszcze przez trzy tygodnie kierował resortem, aż do przekazania urzędu Kazimierzowi Bartlowi 16 grudnia 1919 r.
Jednakże jego praca w ministerstwie się nie zakończyła, gdyż szef resortu w kwietniu 1920 r.