Edukacja i wczesna działalność Kiriłł Wachromiejew ukończył kolejno szkołę średnią nr 557 (1953) i seminarium duchowne w Moskwie (1957). Uzyskał również średnie wykształcenie muzyczne w klasie śpiewu chóralnego i kontrabasu. Jako jego słuchacz został jednym z hipodiakonów patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Aleksego. Wieczyste śluby mnisze złożył jako student II roku Moskiewskiej Akademii Duchownej 3 kwietnia 1959 przed namiestnikiem ławry Troicko-Siergijewskiej archimandrytą Pimenem. Imię zakonne Filaret przyjął na cześć św. Filareta Miłościwego. Święcenia diakońskie przyjął 26 kwietnia 1959 z rąk patriarchy Aleksego w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie.
Równocześnie kontynuował naukę na Akademii Duchownej, którą ukończył w 1961, uzyskując stopień kandydata nauk teologicznych za pracę poświęconą pasterskiej opiece nad duszami wiernych według metropolity moskiewskiego Filareta. Po ukończeniu studiów został zatrudniony na uczelni jako stypendysta profesorski. Prowadził zajęcia z historii zachodnich wierzeń religijnych, a następnie z homiletyki, w Akademii Duchownej oraz w moskiewskim seminarium. Służył w cerkwiach ławry Troicko-Siergijewskiej. 14 grudnia 1961 został wyświęcony na hieromnicha w prywatnej cerkwi św. Filareta Miłościwego na terenie apartamentów patriarszych w ławrze Troicko-Siergijewskiej.