Działalność mały|Pietro Perugino, Chrzest Chrystusa mały|Chrzest Chrystusa, francuska miniatura, ok. 1165 (Gemäldegalerie, Berlin). W dość młodym wieku Jan zrezygnował z przywileju kapłaństwa dziedziczonego po ojcu i rozpoczął twarde życie pustelnika na Pustyni Judzkiej. Historycy sugerują, że mógł być w tym czasie sympatykiem lub zwolennikiem stronnictwa esseńczyków, chociaż jego późniejsze otwarte, publiczne nauczanie różniło się w wielu punktach od ich wyłącznej i hermetycznej doktryny.
Na pustyni został powołany na proroka, a jego głównym zadaniem stało się wzywanie ludzi do nawrócenia oraz przygotowanie drogi do publicznej działalności Mesjasza.
Jan głosił potrzebę głębokiego nawrócenia wewnętrznego. Swoje nauczanie pieczętował obrzędem chrztu z wody w rzece Jordan. Jak sam podkreślał, jego chrzest był jedynie znakiem pokuty i nawrócenia, a nie właściwym sakramentem, który miał przynieść dopiero Zbawiciel:
mały|Chrzest Chrystusa, fresk z Kapadocji, XII w.
Według ewangelii synoptycznych do Jana Chrzciciela nad Jordan przyszedł sam Jezus i przyjął od niego chrzestMt 3, 13-15;