Po raz drugi ratusz spłonął w 1633 r., w czasie trwania wojny trzydziestoletniej. Z powodu braku pieniędzy przez dłuższy czas budynek pozostawał w stanie na wpół zrujnowanym. Brak funduszy sprawił również, że w czasie remontu tylko część naprawionego dachu pokryto dachówkami, pozostałą zaś gontem. W 1670 roku na dużej wieży ratuszowej zamontowano wahadłowy zegar, którego wykonawcą był gorzowski giser. Ponadto na wierzchołku zawieszono dzwon sygnalizacyjny. Od południowej strony ratusza dobudowano półkolisty aneks.
Gruntownej przebudowy ratusza dokonano w II połowie XIX wieku. Zlikwidowano wówczas dwuspadowy dach, a na jego miejscu dobudowano trzecią kondygnację przykrytą płaskim dachem. Obramowano go krenelażem przedstawiającym historyzujące formy. Obniżono również, do wysokości murów, południową wieżę. Zlikwidowano także liczne przybudówki do budynku – warzelnie piwa po północnej i południowej stronie, istniejący na zewnętrznej stronie wieży aneks, miejski odwach i kramy położone wcześniej na placu wokół ratusza. Przebudowa zdeformowała znacznie pierwotną bryłę ratusza.