Wkrótce zaczęła się wojna domowa, która w marcu następnego roku objęła Bośnię i Hercegowinę. W wyniku tej wojny rozpoczęło się trwające od kwietnia 1992 do końca lutego 1996 oblężenie Sarajewa. 26 października 1993 roku wysłano z Wiednia pomoc humanitarną, zawierającą 16 ton żywności i drewna opałowego dla współwyznawców w Bośni (z Travnika, 40 głosicieli w Zenicy i 65 w Sarajewie). Był to pierwszy konwój z pomocą humanitarną, który dotarł do Sarajewa od początku oblężenia. Podobną pomoc zorganizowano w Tuzli, Mostarze i Bihaciu. Łącznie w roku 1994 wysłano 66 ton różnych artykułów dla 219 bośniackich współwyznawców. W czerwcu 1994 roku w Tuzli, Zenicy i Sarajewie zorganizowano jednodniowe zgromadzenia specjalne, w których uczestniczyli członkowie Komitetu Kraju z Zagrzebia. W zgromadzeniu tym udział wzięło 726 osób, a 55 ochrzczono.
W trakcie oblężenia Sarajewa za neutralną postawę niektórzy otrzymali wyroki skazujące i byli więzieni. Podobne próby przechodzili młodzi głosiciele w Banja Luce. Niektórzy głosiciele ponieśli śmierć na skutek działań wojennych. Do oblężonych miast od czasu do czasu literaturę biblijną przekazywano faksem.