Kościół został wówczas sprzedany na rzecz parafii greckokatolickiej, a ewangelicy w dalszym ciągu mają prawo korzystać z dolnej kaplicy.
13 listopada 2005 podczas uroczystych obchodów czterdziestolecia węgorzewskiej parafii greckokatolickiej odsłonięty został krzyż umieszczony w przedsionku cerkwi, który upamiętnia pierwszego ewangelickiego duszpasterza kościoła, ks. Ericha Brauna, będącego inicjatorem jego budowy. Krzyż był częścią zlikwidowanego nagrobka należącego do księdza i jego żony. W odsłonięciu udział wzięli duchowni wyznania ewangelicko-augsburskiego, rzymskokatolickiego i grekokatolickiego.
Dzięki nawiązaniu współpracy w 2006 z prof. Romanem Wasyłykiem, pełniącym stanowisko rektora Lwowskiej Narodowej Akademii Sztuki, w 2007 cerkiew pozyskała ikony Zmartwychwstania Pańskiego i Podwyższenia Krzyża Świętego, które zostały wykonane przez studentów uczelni – Wasyla Sywaka i Tarasa Łesiwa. 19 kwietnia 2009 zostały tu poświęcone kolejne ikony przedstawiające Święta Rodzinę, św. Grzegorza Teologa, św. Jana Chryzostoma, św. Proroka Eliasza, św. Mikołaja Cudotwórcę, św. Włodzimierza i Olgę, św. Borysa i Gleba oraz św.