W 1842 r. przedsiębiorstwo to przejęło państwo pruskie. W młynach królewskich uruchomiono pierwszą w mieście maszynę parową w 1846 r. W latach 1848–1849 stare młyny rozebrano, a w ich miejsce powstał duży kompleks młyński, dzisiaj zwany młynami Rothera. Były to największe młyny w Bydgoszczy, w II połowie XIX w. wspomagane przez mniejsze obiekty tego typu na Czyżkówku (ob. budynek mieszkalny), Skrzetusku (młyny Kentzera, ob. hotel „Słoneczny Młyn”) i pięć innych.
W 1859 r. w miejscu rozebranego młyna wodnego Henryk powstał młyn parowy Camphausa (obecny Czerwony Spichlerz). Natomiast w 1899 r. powstał willowy budynek mieszkalny na wyspie dla członków zarządu młynów (ul. Mennica 7, obecnie Dom Leona Wyczółkowskiego). Na przełomie XIX i XX w. nastąpiło ostateczne przekształcenie formy napędu obiektów przemysłowych na wyspie z wodnej na parową i elektryczną.
Należy również zaznaczyć, że okres od ok. 1870 do 1914 r. to czas powstania zabudowy bydgoskiej Wenecji, czyli ciągu kamienic stanowiących pierzeję rzeki Młynówki od wschodu, południa i zachodu. Malownicza zabudowa schodząca do stóp rzeki stała się atrakcją turystyczną i inspiracją dla dzieł artystów.