W 1943 roku Lestan Fabijan, Ivan Sever, Franjo Dreven i Filip Huzek-Gumbazir, którzy odmówili wstąpienia do oddziałów partyzanckich, zostali zabrani z domów i zamordowani.
Po wojnie, we wrześniu 1946 roku aresztowano 18 Świadków Jehowy. Po pięciomiesięcznym śledztwie w lutym 1947 oskarżono ich o działalność agenturalną na rzecz Stanów Zjednoczonych i próbę obalenia socjalizmu oraz przywrócenia ustroju kapitalistycznego. Na kary od roku do 15 lat więzienia skazano 14 Świadków Jehowy, a Rudolfa Kalle, Dušana Mikića i Edmunda Stropnika na karę śmierci przez rozstrzelanie. Po protestach współwyznawców z zagranicy karę śmierci zamieniono na 20 lat więzienia.
W 1949 roku w Jugosławii zanotowano liczbę 460 głosicieli, w 1950 – 517, rok później – 601.
Legalizacja działalności 9 września 1953 roku Socjalistyczna Federalna Republika Jugosławii pod rządami marszałka Tito oficjalnie zarejestrowała Chrześcijańską Wspólnotę Religijną Świadków Jehowy. Rejestracja pozwalała zgromadzać się w wyznaczonych salach i rozsyłać literaturę biblijną, lecz nie można było prowadzić działalności kaznodziejskiej od domu do domu, za którą groziły grzywny. Dlatego głoszono potajemnie i nieoficjalnie.