Do 1996 roku nadzór nad działalnością w Chorwacji a także w Bośni i Hercegowinie sprawował Komitet Kraju, działający pod nadzorem Biura Oddziału w Austrii. W tym też roku utworzono czteroosobowy Komitet Oddziału, a 23 października 1999 roku w Zagrzebiu oddano do użytku Biuro Oddziału, w którym pracowało około 50 osób. W uroczystym oddaniu obiektu do użytku uczestniczył członek Ciała Kierowniczego Gerrit Lösch. Następnego dnia w okolicznościowym zgromadzeniu wzięło udział 4886 osób. Wdrożono również program budowy Sal Królestw, dzięki któremu do 2008 roku wybudowano 25 nowych Sal Królestwa, a 7 zostało odremontowanych.
23 lipca 1999 roku na zgromadzeniach okręgowych pod hasłem „Prorocze słowo Boże” wydano Chrześcijańskie Pisma Greckie w języku chorwackim. Pełne tłumaczenie Biblii w Przekładzie Nowego Świata w tym języku ukazało się w roku 2006. 25 kwietnia 2020 roku Mark Sanderson, członek Ciała Kierowniczego, ogłosił w nagranym wcześniej przemówieniu wydanie zrewidowanego Pisma Świętego w Przekładzie Nowego Świata w języku chorwackim (oraz serbskim). W związku z pandemią COVID-19 zorganizowano specjalne zebranie w trybie wideokonferencji. W Chorwacji, Bośni i Hercegowinie, Czarnogórze oraz Serbii uczestniczyło w nim łącznie 12 705 osób (w tym 7076 osób w Chorwacji i Bośni i Hercegowinie).