Sezon piąty to kontynuacja wydarzeń z odcinka 19. poprzedniego sezonu. Walter, Astrid, Peter i jego córka − Etta, odnajdują zamkniętą w bursztynie Olivię. Wtedy Walter zostaje aresztowanym. Poddany torturom przez kapitana Windmarka zapomina plan dotyczący pokonania obserwatorów. Olivii, Peterowi i Etcie udaje się zepsuć urządzenie zmniejszające ilość tlenu w atmosferze. Później włamują się do opuszczonego przez Windmarka z tego powodu pokoju przesłuchań i zabierają Waltera. Zespół przyjeżdża do jego laboratorium na Harvardzie. Okazuje się, że jest ono zabursztynowane. Z bursztynu udaje im się wyciągnąć kamerę z taśmą dotyczącą planu zniszczenia obserwatorów. Walter mówi na niej, że muszą odnaleźć resztę nagrań. Na innej z nich Walter każe zdobyć czerwone skały. Na jeszcze innych – elektromagnes oraz chłopca-obserwatora, imieniem Michael, z którym wydział fringe miał do czynienia wcześniej. Według taśm Michaelem zajmować ma się Donald. Jednak chłopiec zostaje odnaleziony otoczony opieką innych ludzi, którym Donald go powierzył. Nikt nie wie, kim jest ten mężczyzna.