Wraz ze zmianami organizacyjnymi, w roku 1996 uformowano tu nową jednostkę – 3 Zamojską Brygadę Obrony Terytorialnej, pod dowództwem początkowo Warszawskiego, a następnie (od 1998) Śląskiego Okręgu Wojskowego. Na początku 2008 jednostkę przekształcono w 3 batalion Obrony Terytorialnej, a nieco później w stacjonujący obecnie 3 Zamojski batalion zmechanizowany (wchodzący w skład 3 Brygady Zmechanizowanej Legionów im. R. Traugutta w Lublinie). W roku 2011 jednostka została przejęta przez 1 Warszawską Brygadę Pancerną im. T. Kościuszki w Warszawie, natomiast od 2019 podporządkowana jest 19 Lubelskiej Brygadzie Zmechanizowanej im. gen. dyw. Franciszka Kleeberga w LublinieJednostki Wojskowe: 3.ZBZ..
Funkcjonuje tu również wojskowa jednostka logistyczna – 32 Zamojski Wojskowy Oddział Gospodarczy im. Hetmana Wielkiego Koronnego Jana Zamoyskiego32 ZWOG., jaka podlega 3 Regionalnej Bazie Logistycznej w Krakowie. Ponadto Zamość jest od 2017 roku miejscem dyslokacji 25 batalionu lekkiej piechoty Wojsk Obrony Terytorialnej z 2 Lubelskiej Brygady OT imienia mjr. Hieronima Dekutowskiego "Zapory".