wynika, że dane osobowe Jana Pańczyka zamieszkałego w Warszawie nie pokrywają się z danymi osobowymi, które znajdują się w katalogu funkcjonariuszy, współpracowników, kandydatów na współpracowników organów bezpieczeństwa państwa oraz innych osób, udostępnionym w IPN-ie od dnia 26 listopada 2004 r.
Śmierć Jan Pańczyk zmarł 16 października 2007 roku w Warszawie. Od 1999 r. chorował na przewlekłą białaczkę limfatyczną, nie zmieniając jednak ani trybu swojego życia ani zaangażowania w propagowanie pedagogiki specjalnej. Pracował do dnia zgonu. 23 października 2007 r. profesor miał po raz kolejny pokierować obradami Forum Pedagogów Specjalnych XXI wieku poświęconego Półwieczu uniwersyteckiej pedagogiki specjalnej w Polsce i organizowanego przez niego w Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie. Do ogólnopolskiego spotkania pedagogów specjalnych już nie doszło.
Profesor Pańczyk został pochowany 26 października 2007 roku na Starych Powązkach w Warszawie (kwatera pod murem IV-1-92). W ceremonii pogrzebowej uczestniczyło przeszło 200 osób.
Pamięć o profesorze