Służba okrętu Po przyjęciu okrętu w skład Kriegsmarine, U-11 został przydzielony do szkolnej flotylli US-FL w Neustadt, jako okręt szkolny. 23 sierpnia 1939 roku powierzono mu zadania treningowe i w przeciwieństwie do innych okrętów tej jednostki, w pierwszych miesiącach wojny nie uzyskał statusu operacyjnego. Do maja 1941 roku U-11 służył jako okręt szkolny 1. i 21. Flotylli U-Bootów, kiedy został przeznaczony dla celów eksperymentalnych – najpierw w Nachrichtenmittelerprobungskommando (NEK), a następnie w 5. Flotylli U-Bootów w Kilonii.
W ramach tego rodzaju działalności, na U-11 przeprowadzono pierwsze testy powłoki anechoicznej „Alberich” – warstwy paneli perforowanego kauczuku syntetycznego o grubości około 4 mm, przytwierdzanej do zewnętrznej powierzchni kadłuba celem rozpraszania wiązki akustycznej sonaru „Asdic”Stan Zimmerman: Submarine Technology, s. 103-104.. W marcu 1943 roku U-11 przeszedł do 22. Szkolnej Flotylli U-Bootów w Gdyni – ponownie celem pełnienia funkcji szkoleniowej. Pełnił ją do 5 stycznia 1945 roku, kiedy został wycofany ze służby, a 3 maja 1945 roku wysadzony w powietrze w Kilonii. Wrak okrętu został pocięty na złom w 1947 rokuu-boat.net: U-11, [online].