Rząd II Republiki jeszcze przed rozpoczęciem niemieckiej okupacji ograniczył prawa części obywateli wprowadzając antysemickie ustawy rasowe, a dekretem z 2 marca 1939 roku stworzył także obozy dla Romów w Letach i Hodoninie.
Hitler dążył do dalszego rozpadu Czechosłowacji. W Bratysławie doszło do walk, które próbowały spacyfikować wojska federalneBogusław Wołoszański Tajna wojna Stalina, wyd. 1999, s. 107–111.. 14 marca 1939 powołany po październiku 1938 autonomiczny parlament słowacki ogłosił w Bratysławie akt niepodległości i utworzenie Republiki Słowackiej. Nastąpiło to pod presją Hitlera i groźbą aneksji kraju przez Węgry, których częścią terytorium Słowacji było do traktatu w Trianon z 1920. Nowe słowackie państwo zostało uznane przez większość państw europejskich, nawet Związek Radziecki, było jednak jedynie satelitą III Rzeszy. Następnego dnia Wehrmacht rozpoczął zajmowanie na terytorium Czech i Moraw, łamiąc ustalenia układu monachijskiego. Doszło do obrony koszar Czajanka. 16 marca 1939 przy wymuszonej zgodzie prez. Emila HachyHitler zagroził w razie odmowy wydania rozkazu niestawiania oporu przez armię – bombardowaniem Pragi przez Luftwaffe. III Rzesza utworzyła z zajętych ziem czeskich Protektorat Czech i Moraw.