II wojna światowa W pierwszych dniach września 1939 r. wyjechał z Warszawy wraz z grupą współpracowników z ZUS. Można przyjąć, że wykonywał polecenia służbowe, a kolejnym powierzonym zadaniem była misja wywiezienia papierów wartościowych ZUS za granicę. Plan ten udało się zrealizować, gdy w połowie września 1939 r. Hubicki przedostał się na Węgry. Po krótkim okresie internowania w obozie w Nagymaros były minister zamieszkał w Budapeszcie. Od września 1940 r. do lutego 1942 r. ponownie trafił do obozu nieopodal węgierskiej stolicy, po czym z racji problemów ze zdrowiem pozwolono mu zamieszkać prywatnie w Budapeszcie z obowiązkiem meldowania się w Komendzie Obozu. Przez cały ten czas aktywnie uczestniczył w pracach organizacyjnych prowadzonych przez piłsudczyków na Węgrzech, które znalazły wyraz w postaci Obozu Polski Walczącej.
Po zajęciu Węgier przez III Rzeszę przedostał się w kwietniu 1944 r. na Słowację, używając fałszywych dokumentów. Po krótkim pobycie w Bratysławie, znów zmieniając tożsamość, wyjechał na słowacką prowincję i zatrudnił się jako lekarz w domu dla głuchoniemych.