We wrześniu 1793 r. został wybrany do Komitetu Bezpieczeństwa Powszechnego. Jego działalność w nim szybko zyskała mu przydomek Wielkiego Inkwizytora. Vadier zajmował się m.in. sprawą fałszerstwa dekretu o Kompanii Indyjskiej, w którą zamieszani byli Philippe Fabre d’Églantine i François Chabot, mając istotny wpływ na przebieg procesu dantonistów w marcu 1794. Szczególnie zdecydowanie domagał się śmierci Camille'a Desmoulinsa, którego uważał za osobistego wroga ze względu na nieprzychylne publikacje tego ostatniego w czasopiśmie „Le Vieux Cordelier” „(Stary Kordelier)”. W obydwu rządzących komitetach (Bezpieczeństwa Powszechnego i Ocalenia Publicznego) należał do najbardziej zagorzałych zwolenników krwawej rozprawy z wszelką opozycją. Wykorzystywał również swoje kompetencje do rozprawy z prywatnymi wrogami jeszcze sprzed rewolucji.