W maju 1938 roku Seyss-Inquart wstąpił do NSDAP. Otrzymał też stopień Gruppenführera SS, a w maju 1939 został ministrem bez teki rządu Rzeszy.
II wojna światowa Po niemieckiej inwazji na Polskę Seyss-Inquart został zarządcą południowych terenów Polski, a od utworzenia Generalnego Gubernatorstwa w październiku 1939 do maja 1940 r. pełnił funkcję sekretarza stanu (szefa) rządu Generalnego Gubernatorstwa i zastępcy generalnego gubernatora Hansa Franka.
Po zajęciu Belgii i Holandii w maju 1940 roku Hitler mianował Seyss-Inquarta Komisarzem Rzeszy (Reichskommissar) okupowanej Holandii i uczynił odpowiedzialnym za kierowanie administracją cywilną i współpracę gospodarczą z Rzeszą. 30 kwietnia 1945 roku rozpoczął negocjacje w sprawie przedwczesnej kapitulacji wojsk niemieckich w Holandii z amerykańskim generałem Bedellem Smithem. Został aresztowany przez wojska kanadyjskie 4 maja podczas próby ucieczki.
Seyss-Inquarta obarcza się odpowiedzialnością za śmierć około 800 osób na terenie okupowanej Holandii w okresie od objęcia rządów do przejęcia jego uprawnień przez dowództwo wojskowe w lipcu 1944 roku. Jest też odpowiedzialny za usuwanie Żydów z administracji rządowej, prasy i ich prześladowania ekonomiczne.