Niecały rok później, w grudniu 1943, umarł również schorowany wieloletni prezes Muczkowski, do śmierci zaangażowany w konspiracyjną działalność naukową w ramach nieistniejącego oficjalnie Towarzystwa.

Po 1945 Już pod koniec stycznia 1945 roku doszło do reorganizacji działalności Towarzystwa, którego Wydział obrał na nowego prezesa Jana Dąbrowskiego. Liczba członków tuż po wojnie spadła drastycznie do 61 osób. TMHiZK stopniowo wracało do normalnego toku pracy, pomimo trudnej sytuacji powojennej wznawiając działalność wydawniczą (w 1947 ukazał się jubileuszowy, setny tom „Biblioteki Krakowskiej”). W palecie wydań do sztandarowych serii „Biblioteki Krakowskiej” i „Rocznika Krakowskiego” dodano popularnonaukowy „Kraków dawniej i dziś”. W międzyczasie Towarzystwo prowadziło działalność mającą na celu zniwelowanie szkód w dziedzictwie Krakowa spowodowanych przez wojnę – kontynuowano m.in. akcję rewindykacji zagrabionych dzieł sztuki, której najważniejszym koordynatorem był członek Wydziału Towarzystwa Karol Estreicher.