Przez następne stulecia będący częścią Polski Gdańsk, jak również inne miasta Prus Królewskich – tzw. trzy wielkie miasta polsko-pruskie (Gdańsk, Toruń i Elbląg)Te miasta razem wzięte liczyły ok. 36,5% ludności miejskiej Rzeczypospolitej, stanowiły także większą część ludności Prus Królewskich., posiadały znaczną samodzielność i przywileje. Był to jeden z najbogatszych obszarów Korony Polskiej, a następnie całej I Rzeczypospolitej, zwłaszcza tytuł ten należał do Gdańska, jako najbogatszego polskiego miasta.
W wyniku rozbiorów Polski (1772-1795) Pomorze Gdańskie przeszło pod panowanie Prus, a później zjednoczonych Niemiec, jako prowincja Prusy Zachodnie (niem. Westpreußen). Jej stolicą był początkowo Kwidzyn, a po II rozbiorze Polski – Gdańsk. Stan ten trwał do zakończenia I wojny światowej, oprócz okresu 1807–1814, kiedy istniało Wolne Miasto Gdańsk. Po wojnie w wyniku traktatu wersalskiego (1919 rok) Pomorze Gdańskie wróciło do Polski, oprócz Gdańska i ziem do niego przylegających, które ponownie utworzyły Wolne Miasto Gdańsk, istniejące w latach 1920–1939. W lutym 1920 w Pucku odbyły się symboliczne zaślubiny Polski z morzem.
II wojna światowa przyniosła kolejne zmiany terytorialne: Pomorze Gdańskie i Gdańsk wcielono do III Rzeszy jako Gdańsk-Prusy Zachodnie. W 1945 roku całe Pomorze Gdańskie razem z Gdańskiem znalazło się w Polsce.
Miasta