Możliwe jest również (choć bardzo niepewne), że w drodze powrotnej lekarz pierwszy raz odwiedził Tatry, które później miały odegrać ważną rolę w jego życiu. W przeciwnym razie jego pierwsza wizyta w tych górach przypadałaby prawdopodobnie na rok 1852, kiedy to – spędzając miesiąc miodowy w Szczawnicy – miał odbyć kilka wycieczek tatrzańskich z Jerzym Alexandrowiczem i Karolem Jurkiewiczem, towarzyszami jego wypraw mineralogicznych w góry Harzu, Alpy wschodnie i Karpaty w Siedmiogrodzie (data wynika z jego książki Sześć dni w Tatrach, jednak niektórzy historycy uznają ją za błędnie podaną i utożsamiają ów wyjazd z odbytym w roku 1857). W marcu 1852 roku był skazany na krótkotrwały dozór policyjny wskutek podejrzeń o udział lub zamiar udziału w wydarzeniach Wiosny Ludów.
Środkowy okres warszawski (1855–1864) W latach 1855–1859 Tytus Chałubiński należał do rozmaitych komisji badawczych powoływanych przez Towarzystwo Lekarskie Warszawskie. 9 grudnia 1856 roku został ordynatorem w Szpitalu Dzieciątka Jezus – największym w Warszawie – w związku z czym 21 stycznia 1857 roku zrezygnował ze stanowiska naczelnego lekarza Szpitala Ewangelickiego. Motywem tej decyzji była prawdopodobnie chęć organizacji kliniki chorób wewnętrznych w porozumieniu z Fiodorem Cycurinem (organizującym wówczas Akademię Medyko-Chirurgiczną w Warszawie), do czego Szpital Dzieciątka Jezus miał dogodniejsze warunki i co istotnie nastąpiło po kilku latach.