Zaraz po zajęciu miasta, 14 września, władzę przejęło dowództwo Kriegsmarine. 26 października terytorium województwa pomorskiego przyłączono do nowo utworzonego Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie. Na jego czele stanął gauleiter Albert Forster. Nadburmistrzem Gdyni został Horst Schlichting z Sopotu. Zastępcą Gerhard Cartellieri. Szefem policji Christoph Diehm (1942-1944), po nim Helmuth Muller. Okręgowym liderem NSDAP od października 1939 do marca 1941 r. był Erich Temp. Po nim do marca 1945 r. Artur Diethelm.
Przy ulicy Korzeniowskiego (Prinz Eugenstrasse) znajdowała się terenowa placówka gdańskiego oddziału Gestapo. Na jej czele stali: do grudnia 1939 – Friedrich Class, zastępcą był Franz Koepke styczeń – wrzesień 1940 – Hans Leyer wrzesień 1940 – marzec 1943 – Hans Volkmann marzec-sierpień 1943 – Bruno Schuppenhauer sierpień 1943 do końca wojny – SS-Hauptsturmführer Reichenbach
Komendantami bazy Kriegsmarine byli kolejno: Robin Schall-Emden Bernhard Liebetanz Robin Schall-Emden Ernst Krafft Friedrich Götting Joachim Plath Rudolf Stange Siegfried Sorge