Od roku 2001 krążyły plotki o tym, że Flew porzucił ateizm. Zaprzeczył on wówczas tym pogłoskom na stronie Secular Web Antony Flew. Internet Infidels, 31 August 2001. Pełne przedstawienie swoich zrewidowanych poglądów na istnienie Boga ogłosił w wywiadzie udzielonym w roku 2004 czasopismu „Philosophia Christi”, w którym mimo wszystko wyraża m.in. nadzieję i wiarę w brak istnienia życia po śmierci oraz niewiarę w zmartwychwstanie Jezusa jako historyczny fakt.
Wokół jego ostatniego dzieła There is a God: How the World's Most Notorious Atheist Changed His Mind (wyd. polskie Bóg istnieje), napisanego z udziałem Roya Abrahama Varghese'a, narosło wiele kontrowersji. Niektórzy uważają, że nie był on w ogóle autorem tej książki, a prawdziwymi autorami są Roy Varhese i Bob HosterThe Turning of an Atheist, Mark Oppenheimer, New York Times Magazine, 11/4/07. Aby uciąć te teorie spiskowe, Flew oficjalnie ogłosił, że treści tam zawarte odzwierciedlają wiernie jego stanowisko.
Oprócz ateizmu, Flew jest znany z wybitnego wkładu w dziedziny epistemologii oraz logiki. Jego słynne naświetlenie sofizmatu pt. żaden prawdziwy Szkot (c. 1975) stanowi swoisty współczesny klasyk tych dyscyplin.