W 1925 uzyskał na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego stopień doktora habilitowanego w dziedzinie genetyki i hodowli roślin, a następnie pracował w majątku Wapno, gdzie pracował dla zakładów „Solvay”. W 1928 powierzono mu funkcję kierownika sekcji nasiennictwa w Pomorskiej Izbie Rolniczej w Toruniu. W 1930 przeprowadził się do Motycza, gdzie pracował w Stacji Hodowli Nasion Buraka Cukrowego. Od 1935 zasiadał w działającej przy Ministrze Skarbu Komisji Klasyfikacji Gruntów Ornych, ale po dwóch latach ponownie zamieszkał w Poznaniu, gdzie powierzono mu etat docenta i funkcję kierownika Katedry Genetyki i Hodowli Roślin Uniwersytetu Poznańskiego.
Po wybuchu II wojny światowej okupanci przeprowadzili we wrześniu 1939 akcję wysiedlania ludności z Poznania, Konstanty Moldenhawer wyjechał wówczas do Warszawy, gdzie pracował przy hodowli roślin.