Dzięki temu proboszcz Rehaag mógł w dniu 21 października 1821 uroczyście poświęcić nowe organy.
W 1926 firma organmistrzowska Brunona Göbla z Królewca zbudowała nowy instrument na miejscu starszego. Organy wyposażono w 53 głosy, trzy manuały i pedał.
Organy te zostały zniszczone podczas pożaru katedry 2 lutego 1945. W 1955 ks. Gedymin Pilecki zlecił firmie Zygmunta Pietrzaka z Włocławka rekonstrukcję organów, których szczątki otrzymał z kościoła w Nowem. W listopadzie 1955 komisja rzeczoznawców uznała, że organy zostały wykonane zgodnie z zaleceniami. Instrument posiada trakturę pneumatyczną, jeden miech, dwa manuały i pedał i 26 głosów. Skala manuałów: C-f3. Skala pedału: C-d1. W 2011 dokonano remontu i rozbudowy. W latach 1979–1987 organistą katedry św. Mikołaja był Henryk Gwardak.
Dzwony