W kwietniu 1907 został uhonorowany złotą szablą „Za Męstwo” przy obronie Port Artur, lecz z niejasnych przyczyn został następnie zwolniony z dowodzenia zespołem szkolnym pływania podwodnego.

Pod koniec 1907 Szczęsnowicz objął stanowisko młodszego flagmana Floty Bałtyckiej. Istotnym dla jego kariery okazał się jego udział w listopadzie 1907 w funkcji oskarżyciela z ramienia floty w procesie oficerów obwinionych o uszkodzenie na skałach carskiego jachtu „Sztandart” (późniejszy stawiacz min „Marti”) z carską rodziną na pokładzie. Oskarżając ostro przygotowanie oficerów, służbę hydrograficzną i nawigatorów, Szczęsnowicz naraził się dowództwu floty i wkrótce został odsunięty od służby morskiej (główni obwinieni zostali ukarani naganą, lecz uniewinnieni po odwołaniu się). W grudniu 1908 Szczęsnowicz został dowódcą szkolnego oddziału torpedowców, na okręcie flagowym „Jewropa”, jednakże w 1909, awansowany na wiceadmirała, został skierowany na lądowe stanowisko członka Rady Admiralicji. Wkrótce potem zmarł roku, pochowany na rzymskokatolickim Cmentarzu Wyborgskim w Sankt Petersburgu (nieistniejącym obecnie).

Nie miał dzieci. Miał brata Aleksandra (ur. 1845), również służącego we flocie rosyjskiej, oraz siostrę Emilię (ur.