Obie babki księcia Jana były siostrami, córkami Michała I, króla Portugalii.
Miał pięcioro rodzeństwa: Elżbietę, księżną Hohenbergu, Marię Adelajdę, hrabinę Henckel von Donnersmarck, Marię Gabrielę, hrabinę wdowę Holstein-Ledreborg, księcia Karola i Alicję, księżną Ligne.
Został ochrzczony w wierze katolickiej, ojcem chrzestnym był papież Benedykt XV.
Edukacja Edukację rozpoczął w szkole podstawowej w Luksemburgu i kontynuował w szkole średniej w Ampleforth College w Anglii. Studiował na kierunku nauki polityczne i prawo na Uniwersytecie Lavala w Quebecu.
Następca tronu Książę Jan urodził się za panowania swojej matki, wielkiej księżnej Szarlotty i został następcą luksemburskiego tronu. W 1939, po ukończeniu osiemnastego roku życia, Jan zaczął używać tytułu dziedzicznego wielkiego księcia Luksemburga. 13 kwietnia 1945 rodzina książęca powróciła do Luksemburga z wygnania.
W swoim pierwszym wystąpieniu po zaręczynach z księżniczką Józefiną złożył kwiaty pod Grobem Nieznanego Żołnierza, położonym przy katedrze Świętego Mikołaja i Świętej Guduli w Brukseli.