Obronił on zamek przed atakiem rodziny Zborowskich (sprzymierzonych z Habsburgami), a następnie, z pomocą olkuskich górników, rozbił oddział wojskowy, idący w pomoc Maksymilianowi III Habsburgowi, oblegającemu Kraków.
Po bezpotomnej śmierci Seweryna Bonera młodszego w 1592 roku, zamek stał przeszedł w ręce rodu Firlejów i ich spadkobierców. Dużą inwestycję budowlaną rozpoczął po 1599 roku dyplomata i starosta rabsztyński Mikołaj Wolski, który na miejscu zamku dolnego rozpoczął budowę późnorenesansowego pałacu. Przypuszcza się, że po jego śmierci w 1630 roku budowę mógł kontynuować Zygmunt Gonzaga Myszkowski. Powstał wówczas dwuskrzydłowy budynek o trzech kondygnacjach, w którym było około 40 pomieszczeń. W czasie potopu wycofujące się w 1657 roku wojska szwedzkie spaliły zamek, co poświadcza lustracja z 1660 roku. Zamek próbowano odbudować, ale zamierzenia tego nie przeprowadzono do końca. Częściowo był jeszcze używany do początków XVIII w., potem został opuszczony, a właściciele Rabsztyna przenieśli się do wybudowanego w XVIII w. dworku i folwarku, zlokalizowanego przy południowej stronie wzgórza zamkowego. Do początku XX wieku istniała jeszcze wieża główna, będąca najstarszą częścią zamku.