Służba okrętu U-6 został przyjęty do służby w Kriegsmarine 7 września 1935 roku, jako jeden z pierwszych okrętów podwodnych III Rzeszy. Pierwszym dowódcą okrętu został Kapitanleutnant Ludwig Mathes, który sprawował tę funkcję do 30 września 1937 rokuR. Busch, H-J. Roll: German U-Boat Commanders, s. 157, 283.. U-6 został przydzielony do jednostki szkolnej US-FL w Neustadt, zaś wrzesień 1935 roku spędził w szkole zwalczania okrętów podwodnych, celem szkolenia technicznego załogi.
W okresie przedwojennym U-6 był okrętem szkolnym, lecz parokrotnie uzyskiwał na krótko status operacyjny. 7 marca 1936 roku podczas zajmowania przez wojska niemieckie Zagłębia Ruhry – wraz z 12 jednostkami wchodzącymi w skład 1. Flotylli U-Bootów „Weddingen” oraz wszystkimi jednostkami swojego typu – U-5 został wysłany na patrol, na wypadek ewentualnej wojny morskiej z Polską, Francją lub Związkiem RadzieckimClay Blair: Hitler’s U-Boat War, T. 1, s. 44-45.. Podobne wyjście na patrol bojowy miało miejsce podczas anschlussu Austrii, nieudanej próby zajęcia przez Niemcy Sudetów w maju, oraz po układzie monachijskim we wrześniu 1938 roku.