Został osobistym sekretarzem przywódcy WMRO Todora Aleksandrowa. Po jego skrytobójczym zabiciu 31 sierpnia 1924 r., I. Michajłow stał się jednym z czołowych działaczy WMRO, wchodząc w skład Komitetu Centralnego.
Wkrótce stanął na czele całego ugrupowania. Rozprawił się z lewym skrzydłem organizacji, zlecając zabójstwa najważniejszych działaczy. Następnie silnie zintensyfikował zbrojną, terrorystyczną działalność organizacji, szczególnie na terenie Macedonii Wardarskiej (dziś Republika Macedonii). Macedońscy rewolucjoniści wysadzali drogi, mosty, linie kolejowe, dokonywali ataków terrorystycznych na posterunki policji serbskiej i różne obiekty wojskowe. Zabijali też członków serbskich władz lokalnych, policjantów, żandarmów, a także Macedończyków współpracujących z Serbami. Bojówki WMRO faktycznie przejęły kontrolę nad częścią Macedonii w rejonie Gór Pirin na granicy z Bułgarią, tworząc „państwo w państwie”. Wykorzystywały ten teren jako bazę do wypadów zbrojnych na terytorium Jugosławii. Otrzymywały nieoficjalne poparcie ze strony Bułgarii, a później Włoch, utrzymując ścisłe kontakty z chorwackimi ustaszami, z którymi zawiązali strategiczny sojusz. Sam I. Michajłow uważał się za Bułgara w Bułgarii i bułgarofila w Macedonii.