Pod jej kierownictwem odbyło się wiele sesji muzykologicznych, m.in. Sesja Prokofiewowska (1959), pierwszy międzynarodowy kongres Chopinowski (1960) oraz sesja poświęcona twórczości Karola Szymanowskiego (1962). Zainicjowała organizowanie festiwalu „Musica Antiqua Europae Orientalis” w Bydgoszczy (1963) oraz towarzyszącego mu międzynarodowego kongresu muzykologicznego, któremu przewodniczyła. W 1966 – wspólnie z Hieronimem Feichtem – zorganizowała ośrodek dokumentacji i inwentaryzacji dawnej muzyki polskiej, którego działalność umożliwiła wydawanie serii „Antiquitates Musicae in Polonia”. 220px|mały|Grób Zofii Lissy na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Już w okresie studiów związała się ze środowiskami lewicowymi i później – z racji swoich poglądów politycznych – czynnie uczestniczyła w dyskusji ideologicznej dotyczącej estetyki i metodologii estetyki marksistowskiej w muzykologii. Należała m.in. do Polskiej Partii RobotniczejTadeusz Rutkowski, Na styku nauki i polityki. Uniwersytet Warszawski w PRL 1944–1989, [w:] Dzieje Uniwersytetu Warszawskiego po 1945, red. Piotr M. Majewski, Warszawa 2016, s. 407., a następnie do Polskiej Zjednoczonej Partii RobotniczejJerzy Eisler, Polski rok 1968, Warszawa 2006, s. 273..