Na „sekretnej” pieczęci z 1405 z napisem w otoku + sigillvm. credencie. civitatis. cracovie widzimy herb bliski współczesnemu (bez orła w bramie). Identyczny z obecnym (lecz bez orła) herb miejski widzimy po raz pierwszy na pieczęciach z 1611 r. (z dyplomu miejskiego dotyczącego cechu kichlarzy krakowskich – wytwórców pierników i ciast), 1616 r. (odciśnięta na pergaminie na akcie rajców krakowskich) i 1640 r. (pieczęć w puszce – przy akcie ławników krakowskich).
Pod koniec XVI w. pojawiły się pierwsze przedstawienia herbu Krakowa z Orłem w bramie: pierwsze w wydanym w 1578 r. Gnieździe Cnoty Bartosza Paprockiego, a następne w wydrukowanym w 1584 dziele Herby rycerstwa polskiego tego samego autora. Następnie Orzeł pojawia się już w przedstawieniach na stałe w otwartej bramie herbowego muru, pod podniesioną „broną”, czyli kratą. Oddaje to kształt pieczęci miejskiej, tzw. „większej”, z 1661 r. – pierwszej znanej z Orłem w bramie muru. Napis na jej otoku: sigillvm.civitatis. cracoviae. metropolis. regni. poloniae – „Pieczęć Miasta Krakowa Stolicy Królestwa Polskiego”. Orzeł z herbu Krakowa zniknie dopiero za okupacji hitlerowskiej.