Przebieg szlaku W przebiegu szlaku pentozofosforanowego można wyróżnić dwie fazy. Pierwsza – faza oksydacyjna, podczas której powstaje NADPH oraz druga – faza nieoksydacyjna, podczas której powstają pentozy oraz cukry o 3, 4 i 7 atomach węgla.
Faza oksydacyjna Podczas tej fazy glukozo-6-fosforan zostaje przekształcony w rybulozo-5-fosforan. Jednocześnie dwie cząsteczki NADP+ zostają zredukowanie do NADPH+H+.
thumb|center|600px|Faza oksydacyjna szlaku pentozofosforanowego
+ Reakcje fazy oksydacyjnej Substraty Produkty Enzym Opis Glukozo-6-fosforan + NADP+ → 6-fosfoglukono-δ-lakton + NADPH+H+ dehydrogenaza glukozo-6-fosforanowa Utlenienie. Grupa hydroksylowa przy węglu 1 zostaje przekształcona w grupę ketonową, jednocześnie powstaje NADPH+H+. 6-fosfoglukono-δ-lakton + H2O → 6-fosfoglukonian + H+ 6-glukonolaktonaza Hydroliza 6-fosfoglukonian + NADP+ → rybulozo-5-fosforan + NADPH+H+ + CO2 dehydrogenaza 6-fosfoglukonianowa Oksydacyjna dekarboksylacja. Przyjmując elektron NADP+ przekształca się w następną cząsteczkę NADPH+H+.