Wizytacji Apostolskich Kongregacji ds. Legacji Awiniońskiej (tylko za pontyfikatu Klemensa IX 1667-69) Kongregacji ds. Odpustów i Świętych Relikwii Kongregacji ds. Stanu Zakonnego Kongregacji Rozkrzewiania Wiary Kongregacji ds. Rezydencji Biskupów

W latach 80. XVII wieku kardynał Ottoboni faktycznie kierował pracami Kongregacji Świętego Oficjum jako subsekretarz Kongregacji, gdyż jej nominalny sekretarz, Alderano Cibo, był jednocześnie sekretarzem stanu Stolicy Apostolskiej. Został też podniesiony do rangi kardynała biskupa i subdziekana Kolegium Kardynałów.

Pontyfikat 6 października 1689 został wybrany na następcę papieża Innocentego XI. W konklawe uczestniczyli specjalni wysłannicy cesarza rzymsko-niemieckiego i króla Francji, ale wybrano kardynała Ottoboniego niezależnie od ich wpływów. Nowy papież, który przyjął imię Aleksandra VIII, liczył już 79 lat i uchodził za człowieka światowego, co odróżniało go od znanego z ascetycznego trybu życia poprzednika. 16 października 1689 Aleksander VIII został koronowany.