W trakcie przechodzenia przez Mały Bełt, 8 września, o godzinie 8.00 doszło do spotkania z powracającym do Kilonii U-14.
Patrol 2 (14.09.1939 – 24.09.1939)
14 września 1939 roku okręt wyszedł z Kilonii na patrol z zadaniem blokady Wielkiego Bełtu, gdzie miał atakować brytyjskie okręty podwodne mające próbować przedrzeć się na Bałtyk. Nie odnosząc żadnych sukcesów w rejonie operacyjnym, 24 września powrócił do Kilonii.
Patrol 3 (2.10.1939 – 19.10.1939)
2 października 1939 roku U-18 wyszedł z Kilonii z zadaniem atakowania brytyjskich okrętów w rejonie Orkadów. Na Morze Północne okręt przedostał się przez Kanał Kiloński. 12 października, w kwadracie AN45 doszło do spotkania z U-23. 19 października 1939 roku okręt powrócił do Kilonii.
Z końcem października 1938 roku U-18 został przydzielony do nowo utworzonej 24. Flotylli Szkoleniowej U-Bootów w Gdańsku, która prowadziła kursy dla przyszłych dowódców okrętów. Jednak z powodu niedostatecznej ilości frontowych okrętów podwodnych, U-18 do końca lutego 1940 roku wychodził na patrole bojowe.
Patrol 4 (15.11.1939 – 23.11.1939)