zmienił nazwę na obecną.
W sezonie 2002/03 drużyna zajęła 3. miejsce w lidze. W 2008 r. była gwiazda futbolu Azerbejdżanu – Qurban Qurbanov został mianowany głównym trenerem po niespodziewanym odejściu Rasima Kary do Xəzəru Lenkoran na tydzień przed rozpoczęciem sezonu 2008/09. Kierowany przez Gurbana Qurbanova, Karabach zignorował powszechną strategię w futbolu Azerbejdżanu: unikanie zagranicznych transferów na rzecz pielęgnowania lokalnych talentów. Qurbanov przywiózł ze sobą styl gry „tiki-taka”, charakteryzujący się krótkimi podaniami, długimi okresami rozbudowy i zmianą pozycji zawodników.
W 2017 r., po zwycięstwie nad Sheriffem Tyraspol, Karabach po raz pierwszy zakwalifikował się do play-offów Ligi Mistrzów. W pierwszym meczu wygrał 1:0 z FC København w Baku. Pomimo przegranej 1:2 w rewanżu, Karabach awansował i został pierwszym zespołem z Azerbejdżanu, który dotarł do fazy grupowej Ligi Mistrzów. W grupie C dwa razy zremisował z Atlético Madryt, a 4 mecze przegrał. W sierpniu 2021 r. Karabach zapewnił sobie pierwszy udział w fazie grupowej Ligi Konferencji Europy.