XIX wiek W 1809 roku w wyniku kampanii księcia Józefa Poniatowskiego Zamość został po raz pierwszy i jedyny zdobyty szturmem. W walkach odznaczyła się Joanna Żubrowa. Zdobyte na Austriakach miasto zostało przyłączone do Księstwa Warszawskiego. Po wycofaniu się wojsk napoleońskich i po wielomiesięcznym oblężeniu, obrońcy jako jedni z ostatnich skapitulowali przed Rosjanami w 1813 roku. Zamość po kongresie wiedeńskim włączono do Królestwa Polskiego, uzależnionego od Rosji. thumb|250px|Kościół Franciszkanów pw. Zwiastowania NMP
W 1821 roku rząd Królestwa Polskiego odkupił miasto od Zamoyskich i zmodernizował umocnienia twierdzy (powstały m.in. nadszańce przy dwóch bastionach). Dokonano wówczas przebudowy wielu budynków, m.in. na koszary i magazyny. Skuto wszelkie renesansowe ozdoby, przez co zabudowania utraciły w dużym stopniu swój pierwotny wygląd i styl (m.in. kościół franciszkanów). Ponieważ twierdza służyła wyłącznie celom wojskowym, w 1822 roku zarząd miasta przeniesiono do powstałej wówczas Nowej Osady (Nowe Miasto).