Produkcja mały|Krzysztof Zanussi, reżyser filmu (1984) Za wzorzec fabularny dla Zanussiego posłużyły dwa filmy na podobny temat, w których następowała konfrontacja ideałów mieszczańskich i prowincjonalnych: Piękny Serge (1958) Claude’a Chabrola i Intymne oświetlenie (1965) Ivana Passera. W debiutanckim filmie Zanussiego część ról zagrali amatorzy, np. role Jana zagrał anonimowo znany rzeźbiarz Krystian Jarnuszkiewicz (brat prof. ASP Jerzego Jarnuszkiewicza), a dialogi – na wpół improwizowane – układano dopiero na planie filmowym.
Muzykę do Struktury kryształu skomponował Wojciech Kilar. Warstwa muzyczna filmu jest złożona z krótkich, oszczędnych, powtarzających się motywów, granych na wibrafon i flet lub fortepian. Ewelina Boczkowska zauważyła, że ścieżka muzyczna Kilara sprowadza się do ilustracji trzech typów scen: nieudanego porozumienia, niezobowiązujących interakcji społecznych oraz wzajemnej refleksji obu głównych bohaterów.