Dwa lata później przeniósł się ze względu na zły stan zdrowia do Zakopanego, gdzie objął stanowisko lekarza klimatycznego i gminnego oraz był specjalistą chorób płuc. Na tym stanowisku energicznie współdziałał przy planowaniu i wykonywaniu urządzeń kanalizacyjnych i wodociągowych projektowanych jego kosztem przez inżynierów z Wiednia. Zorganizował w Zakopanem służbę dezynfekcyjną, opracował przepisy dotyczące zwalczania gruźlicy w uzdrowiskach. Przedmiotem jego starań było zbudowanie szpitala w Zakopanem. Przy wsparciu Władysława Zamoyskiego, który od 1889 r. był właścicielem części gruntów Zakopanego i sporej części Tatr, projektował zbudowanie dużego szpitala dla ludności powiększającej się miejscowości. Ostatecznie udało się utworzyć placówkę jedynie dla 12 pacjentów. Janiszewski kierował nią w latach 1899-1904. Podczas pracy w Zakopanem stykał się z problemem gruźlicy. Opracował przepisy sanitarne dotyczące zapobiegania i zwalczania tej choroby w uzdrowisku. Z jego inicjatywy powstało w Polskie Towarzystwo Przeciwgruźlicze oraz Sekcja Zakopiańska Towarzystwa Lekarzy Galicyjskich.
Był współzałożycielem i przeważnie finansował czasopismo „Przegląd Zakopiański”Behrendt Maria: O „Przeglądzie Zakopiańskim”, [w:] „Podtatrze” jesień-zima 1976, s.