W styczniu 2025 Wirtualna Polska poinformowała o usunięciu ze swoich stron skryptów audytowych Mediapanelu. Od tamtej pory wyniki serwisów grupy nie są publicznie dostępne.
Kontrowersje W styczniu 2020 portal internetowy OKO.press opublikował tekst, w którym opisał współpracę Wirtualnej Polski z Ministerstwem Sprawiedliwości. Według portalu miała ona polegać m.in. na cenzurze i blokowaniu artykułów krytycznych wobec Zbigniewa Ziobry i pisaniu pod fikcyjnymi nazwiskami tekstów wspierających ministerstwo. Wirtualna Polska powołała wewnętrzny zespół, który zbadał działalność pionu wydawniczego w Wirtualnej Polsce Media. W związku ze sprawą stanowisko redaktora naczelnego stracił Tomasz Machała, który wyjaśnił, że nie jest zainteresowany publikacjami w sytuacji, w której chodzi o sprawy błahe, bez istotnego znaczenia, w szczególności, gdy dotyczy to polityków. Jednocześnie zespół podał, że wpływy reklamowe pochodzące z Ministerstwa Sprawiedliwości i agencji obsługujących wyniosły poniżej 1% przychodów Wirtualna Polska Holding w całym 2019 roku. Było to wielokrotnie mniej od podawanych w mediach 125 milionów złotych. Jednocześnie Wirtualna Polska wprowadziła nowy Kodeks Etyki Dziennikarskiej i zasady współpracy pomiędzy pionem wydawniczym a pionem sprzedaży.