Jeszcze w tym samym miesiącu XV Korpus Shermana uderzył na Vicksburg, ale został odparty w wyniku bitwy nad Chickasaw Bayou. John A. McClernand użył swych wpływów w administracji prezydenta Lincolna, by otrzymać dowództwo ekspedycji przeciw Vicksburgowi i wygrać ciche współzawodnictwo z Grantem. McClernandowi podporządkowane zostały zarówno korpus Shermana, jak i XIII Korpus. Przemianowawszy je na Armię Missisipi odniósł sukces, zajmując Fort Hindman nad rzeką Arkansas. W związku z tym, iż działanie to nie miało nic wspólnego z wyprawą na Vicksburg, Grant wykorzystał ów fakt, by usprawiedliwić ponowne objęcie przez siebie dowodzenia ekspedycją i podporządkowanie sił McClernanda Armii Tennessee.
Dzięki dobrze układającej się współpracy z Flotyllą Zachodnią, teraz dowodzoną przez Davida Portera, Grant poprowadził swoje trzy korpusy na Vicksburg w mistrzowskiej kampanii przeciw dwom armiom nieprzyjaciela. Po zdobyciu Jackson i pokonaniu konfederatów w bitwie pod Champion Hill, podjął atak na umocnienia Vicksburga, ale bez powodzenia, wobec czego rozpoczął regularne oblężenie miasta. Wkrótce armia otrzymała znaczące uzupełnienia: dywizja dawnej Armii Pogranicza pod dowództwem gen. Herrona została 11 czerwca włączona w skład XVII Korpusu. Dwie dywizje z XVI Korpusu pod gen. Washburnem dołączyły następnego dnia. IX Korpus gen.