Mimo licznych napaści ze strony agresywnych sąsiadów (kaganatów tureckich i ujgurskich), państwo Kirgizów jenisejskich zdołało obronić niezależność aż do XIII w. Ich państwo, a wraz z nim oryginalną kulturę zniszczyło dopiero imperium mongolskie, rządzone przez Czyngis-chana i jego potomków. Autochtoniczna ludność poddawana była wyniszczeniu.
W XVII wieku, kiedy zaczęli pojawiać się tu Rosjanie, ziemie należące do dzisiejszej Chakasji podzielone były na cztery niewielkie księstwa.
W Imperium Rosyjskim Za oficjalną datę wejścia Chakasji w skład Imperium Rosyjskiego można uważać 20 sierpnia 1727, kiedy między Chinami a Rosją zawarty został pakt graniczny, mówiący o tym, iż wszystkie ziemie na północ od Sajanów przechodzą we władanie Rosji, a na południe – Imperium Chińskiego. Faktyczną kontrolę nad Chakasją Rosja przejęła dopiero w latach 60. XVIII w., kiedy zaczęła tam rozmieszczać garnizony kozackie. Miały one stanowić obronę przed Chinami, które w 1758 zawładnęły Dżungarią i stanowiły realne niebezpieczeństwo dla ziem rosyjskich.
W ZSRR i Federacji Rosyjskiej W pierwszej połowie lat 20. XX wieku, po rewolucji bolszewickiej, w Chakasji wybuchło powstanie pod wodzą Iwana Sołowiowa, byłego kołczakowca.